Po prijatí Deklarácie o zvrchovanosti Slovenskej republiky 17. 7. 1992 a Ústavy Slovenskej republiky 1. 9. 1992 vznikla 1. 1. 1993 Slovenská republika. So vznikom nového štátu vznikla aj potreba vytvoriť vlastnú spravodajskú službu, aby mohla nadviazať na činnosť Federálnej bezpečnostnej informačnej služby (FBIS), ktorá dovtedy plnila spravodajské úlohy v Českej a Slovenskej Federatívnej Republike. Na konci roka 1992 bola na základe zákona č. 543/1992 o zrušení FBIS a po zložitých rokovaniach o majetku a poznatkových fondoch fyzicky a právne ukončená delimitácia FBIS. Slovenská informačná služba bola zriadená zákonom NR SR č. 46/1993 Z.z. z 21. 1. 1993 o Slovenskej informačnej službe. Jej prvým riaditeľom sa stal JUDr. Vladimír Mitro. Sídlom Slovenskej informačnej služby sa stala Bratislava. Roky 1993 - 1995 V prvých rokoch sa postupne budovala materiálna a personálna základňa Slovenskej informačnej služby. Postavili sa základy informačného systému a informačných tokov, zbierali sa skúsenosti a do života uviedli kľúčové normy nevyhnutné pre prácu spravodajskej služby. 23. 2. 1995 Kancelária prezidenta SR informovala, že Vladimír Mitro požiadal prezidenta Michala Kováča o uvoľnenie z funkcie. Funkcií sa vzdali aj riaditelia rozviedky a kontrarozviedky. 4. 4. 1995 Vladimír Mitro ukončil pôsobenie v Slovenskej informačnej službe. 5. 4. 1995 Národná rada SR prijala novelu zákona o Slovenskej informačnej službe, podľa ktorej riaditeľa služby menuje vláda, nie prezident. 18. 4. 1995 Vláda SR vymenovala do funkcie riaditeľa Slovenskej informačnej služby poslanca HZDS Ing. Ivana Lexu. 1996 vylúčenie SIS z významného európskeho prointegračného zoskupenia spravodajských služieb - Stredoeurópskej konferencie (MEC), ktoré tvorí 16 spravodajských služieb z 13 krajín západnej a strednej Európy. Roky 1995 - 1998 Pokračoval proces budovania Slovenskej informačnej služby. Postupne sa rozširovala materiálno-technická základňa - nové objekty, autopark, moderná výpočtová technika. V uvedenom období vznikali aj podozrenia z nezákonnej činnosti služby. 17. 2. 1998 Bol prijatý zákon NR SR č. 73/1998 Z. z. o štátnej službe príslušníkov Policajného zboru, Slovenskej informačnej služby, Zboru väzenskej a justičnej stráže Slovenskej republiky a Železničnej polície, ktorý novým spôsobom upravil postavenie a právne vzťahy príslušníkov Slovenskej informačnej služby pri výkone štátnej služby s tým, že sa ich služobný pomer zakladá k štátu. 27. 10. 1998 Odstupujúca vláda Vladimíra Mečiara odvolala z funkcie riaditeľa Slovenskej informačnej služby Ivana Lexu a na uvoľnený post vymenovala Rudolfa Žiaka. 3. 11. 1998 Nová koaličná vláda vytvorená na základe výsledkov septembrových parlamentných volieb vymenovala do funkcie riaditeľa Slovenskej informačnej služby opäť Vladimíra Mitra. 10. 11. 1998 Na základe rozkazu riaditeľa Slovenskej informačnej služby Vladimíra Mitra bola vytvorená zvláštna komisia na prešetrenie podozrení z nezákonnej činnosti služby za jej predchádzajúceho vedenia. Roky 1998 - 2000 Slovenská informačná služba prešla rozsiahlou vnútornou reorganizáciou. Boli vytvorené organizačné i personálne podmienky a kontrolné mechanizmy, ktoré garantujú pôsobenie služby dôsledne v súlade so zákonom. 1999 Obnovenie účasti SIS v MEC. 12. 2. 1999 Na neverejnom zasadaní Národnej rady SR bola prednesená správa o plnení úloh Slovenskej informačnej služby, súčasne bola ukončená činnosť zvláštnej komisie riaditeľa služby a s jej výsledkami boli oboznámení poslanci Národnej rady SR. 29. 9. 1999 Novela zákona o Slovenskej informačnej službe rozšírila pôsobnosť služby aj v oblasti organizovanej trestnej činnosti. Stanovila, že riaditeľa služby vymenúva a odvoláva opäť prezident SR na návrh vlády SR. Vznikla povinnosť viesť evidencie o použití osobitných prostriedkov a znemožnené bolo ničenie údajov z evidencií Slovenskej informačnej služby. 2001 Prijatie zákona NR SR č. 241/2001 Z. z. o ochrane utajovaných skutočností, ktorý pre SIS stanovil základné úlohy v oblasti ochrany utajovaných skutočností. Apríl 2002 Zriadenie bezpečnostného úradu SIS, ktorý zodpovedá za výkon previerok vnútornej personálnej a priemyselnej bezpečnosti. 11. 3. 2003 Vladimír Mitro požiadal o uvolnenie z funkcie riaditeľa SIS k 31. 3. 2003 4. 4. 2003 Vymenovanie Ladislava Pittnera do funkcie riaditeľa SIS. 26. 7. 2006 Ladislav Pittner ukončil pôsobenie vo funkcii riaditeľa SIS. 27. 7. 2006 Vymenovanie Jozefa Magalu do funkcie riaditeľa SIS.