V demokratických spoločnostiach sa veľký dôraz kladie na kontrolu spravodajských služieb tak, aby nedochádzalo k ich zneužívaniu. Kontrola spravodajských služieb sa spravidla vykonáva zákonodarnou, výkonnou ako aj súdnou mocou. Uvedené formy vonkajšej kontroly sa aplikujú aj v SR na Slovenskú informačnú službu. Okrem toho sú vnútri služby vytvorené vnútorné kontrolné mechanizmy.

Vonkajšia kontrola

Vonkajšia kontrola Slovenskej informačnej služby sa vykonáva: - na úrovni Národnej rady SR prostredníctvom osobitného kontrolného výboru (§ 5 zákona), zloženého z koaličných aj opozičných poslancov; riaditeľ služby tiež predkladá Národnej rade SR správu o plnení úloh ustanovených zákonom najmenej raz ročne; parlament zohráva aj kľúčovú kontrolno-regulačnú úlohu schvaľovaním rozpočtu služby, - na úrovni vlády SR, pričom ide o spojenie s riadiacim a garančným systémom; na tejto úrovni sa tiež vykonáva kontrola dodržiavania rozpočtovej disciplíny, - na úrovni súdov a prokuratúry, a to v prípade porušenia zákona službou, alebo pri používaní informačnotechnických prostriedkov, ktoré je podmienené súhlasom sudcu.

Vnútorná kontrola

Vnútorná kontrolná činnosť v Slovenskej informačnej službe sa vykonáva tak prostredníctvom jednotlivých stupňov riadenia, ako aj prostredníctvom špecializovaného kontrolného útvaru s pôsobnosťou na všetky oblasti činnosti služby. Štruktúra a organizácia vnútorného kontrolného systému vrátane jednotlivých jeho článkov, oprávnenia, koordinácia činnosti a vzťahy medzi nimi, realizácia výkonu kontrolnej činnosti, práva a povinnosti kontrolórov i kontrolovaných vyplývajú z osobitných interných predpisov Slovenskej informačnej služby.