Organizačná štruktúra SIS funguje na základe tzv. integrovaného modelu spravodajskej služby, to znamená, že súčasne plní úlohy v oblasti vnútorného (domáceho) i vonkajšieho (zahraničného) spravodajstva. Službu riadi a na verejnosti zastupuje riaditeľ, ktorého na základe návrhu vlády SR menuje prezident SR. Riaditeľ Slovenskej informačnej služby predkladá najmenej raz ročne Národnej rade SR správu o plnení úloh Slovenskej informačnej služby.

Vymenúvanie a odvolávanie riaditeľa Slovenskej informačnej služby, jeho postavenie i úlohy ustanovuje zákon o Slovenskej informačnej službe, napríklad v §  3 až 5 zákona, § 11 ods. 5 zákona, § 16 zákona, a § 17 ods. 6 zákona. Slovenská informačná služba sa organizačne člení, obdobne ako ministerstvá a iné ústredné orgány štátnej správy, na sekcie, a to podľa druhu nimi vykonávanej činnosti. Na čele sekcií sú riaditelia sekcií, ktorí zodpovedajú za výkon svojej funkcie riaditeľovi Slovenskej informačnej služby. Podrobnosti organizácie a riadenia Slovenskej informačnej služby upravuje Štatút Slovenskej informačnej služby, ktorý podľa § 3 ods. 4 zákona o Slovenskej informačnej službe schvaľuje vláda SR, a na jeho základe vydaný Organizačný poriadok Slovenskej informačnej služby. Oba dokumenty obsahujú utajované skutočnosti a požívajú osobitnú ochranu podľa predpisov o ochrane utajovaných skutočností.

Personálna štruktúra Úlohy Slovenskej informačnej služby plnia jej príslušníci, t. j. občania v štátnej službe (podľa zákona NR SR č. 73/1998 Z. z. o štátnej službe príslušníkov Policajného zboru, Slovenskej informačnej služby, Zboru väzenskej a justičnej stráže Slovenskej republiky a Železničnej polície v znení neskorších predpisov). Pôsobia vo všetkých sekciách Slovenskej informačnej služby. Prevádzku objektov Slovenskej informačnej služby zabezpečujú občianski zamestnanci služby (nie sú v štátnej službe). Podľa zákona o Slovenskej informačnej službe je príslušník služby povinný pri plnení úloh dbať na česť, vážnosť a dôstojnosť osôb, aj na svoju vlastnú, ako aj na to, aby osobám v súvislosti s jeho činnosťou nevznikla škoda alebo iná ujma. V Slovenskej informačnej službe pôsobia občania zo všetkých regiónov Slovenska; ich rasa, národnosť či vierovyznanie nie sú relevantné. Podstatné je splnenie kvalifikačných predpokladov a ďalších podmienok ustanovených zákonom. Aktuálne personálne zloženie Slovenskej informačnej služby podľa základných demografických znakov je nasledovné: